MRI pregled endokranijuma omogućava detaljan prikaz mozga i svih endokranijalnih struktura. Ovim pregledom se mogu detektovati organska oštećenja moždanog parenhima, omogućava detekcija sitnih parenhimskih lezija, demijelinacionih oštećenja u sklopu multiple skleroze, i vizualizacija intrakranijalne hemoragije (krvarenja) u najranijoj fazi. Posebnim sekvencama je moguća detekcija ishemijskih i traumatskih oštećenja. Omogućava prikaz najfinijih anatomskih struktura, kao što su kranijalni nervi, strukture unutrašnjeg uha, sadržaj kavernoznih sinusa i orbita.
